Da die Botanik früher als Hilfswissenschaft der Medizin galt, wurden an den Universitäten bereits im 17. Jahrhundert medizinisch-akademische Gärten (Horti Medici) eingerichtet. Sie bildeten die Grundlage der Drogenkunde, deren Hauptaufgabe die Analyse der Pflanzeninhaltsstoffe ist.
Auch heute noch soll der Arzneigarten in Erlangen interessierten Besuchern und Studenten die Pflanzen vor Augen führen, die in der modernen Phytotherapie (Pflanzenheilkunde) oder Homöopathie Anwendung finden. So mancher Besucher wird hier Pflanzen erkennen, die auch in Bauerngärten als Gewürze oder Duftpflanzen zu finden und darüber hinaus in der Volksmedizin bekannt sind, wie Thymian, Kümmel, Salbei, Waldmeister, Minze, Ringelblume oder Arnika – aber auch solche, die als Giftpflanzen gelten; wie Fingerhut, Maiglöckchen und Eisenhut.
Die Anlage wurde 1987 neu konzipiert: die Beete sind nach den Hauptinhaltsstoffen in Gruppen der Arzneipflanzen zusammengestellt, zum Beispiel dem Gehalt an ätherischen Ölen, Bitterstoffen, Senfölen, Gerbstoffen, Alkaloiden. Besonders wichtig bei der Auswahl war, dass es sich eben um aktuell genutzte Arzneipflanzen handelt. Speziell zu diesem Gartenteil gibt es mehrere Führungen im Sommerhalbjahr.
Für weitere Informationen wird der Führer Botanischer Garten Erlangen – Arzneipflanzen empfohlen, der im Gewächshaus oder im Wirtschafts-Gebäude des Botanischen Gartens für 3,10 € erhältlich ist.